(1) 物種變異的可塑性並不存在

達爾文提出自然選擇的同時，沿用了拉馬克的獲得性遺傳的思想，認為物種有很大的可塑性，在新的環境中可以漸漸變異成另一物種，如魚類進化為兩棲類，哺乳類下水變為鯨魚等。現在對基因的深入研究表明，物種的基因的變化範圍是很有限的，所謂的「可塑性」是不存在的。

(2) 對進化原因的解釋，分子進化論否定著達爾文主義

達爾文主義認為進化的動力是環境對生物個體的作用，而根據基因突變的研究，木村資生提出了進化的「中性突變假說」，在分子水平解釋進化，認為分子的中性進化與功能、與環境無關；綜合進化論也認為進化的原因是基因的隨機差錯，它在生物群體中的積累導致了進化，也與環境關係不大[1]。

(3) 分子進化論在理論上同樣謬誤重重

a） 基因分子突變實現進化的概率低到絕對不可能的程度，宇宙沒有時間等待。（這在本系列第6篇有詳盡的論證）。

b） 貝希從生物化學角度，結合分子生物學批駁了進化論[2]

c）分子進化論本身是最典型的循環論證：前提和結論相同！

分子進化論在肯定進化的前提下，比較一些不同進化階段生物基因的差異，發現基因以恆定的速率變化，這就與不同歷史時期的環境變化無關，基因象鐘一樣（即分子鐘），勻速地進化著。該假說的成立必須以下列假設的成立為前提[3]：A. 基因以恆定的速率發生突變; B. 自然選擇對基因突變沒有作用.由該學說給出這樣的結論[1]：A. 基因以恆定的速率發生突變; B. 自然選擇對基因突變沒有作用。明顯前提變成了結論，這裡那有合理性可言？！就像說：如果A B存在，我的假說就對；因為我的假說對，A B就存在！

d）流行的理論原來如此……！

分子進化論在研究人類的起源問題上，通過對線粒體基因的研究，得出了「夏娃理論」，或稱「走出非洲模型」，這是最流行的理論之一。它認為今天的人都是一個非洲婦女的後裔，她的後裔10萬年前離開非洲四處擴散取代了所有其它地區的人[4，5]，而且，Wlison說：「還有其他一些婦女和『夏娃』是同時代人，『夏娃』在繁殖模式上也並不曾佔有特別有利的地位。她的譜系得以倖存，純粹是機緣。」他和Stringer還分別圖解表示中國的「藍田人」、「北京猿人」等都與今天的中國人無關，都被來自非洲的夏娃的後裔取代[3，6] ！旁觀者一看就知道這種說法完全說不通。 在理論上，線粒體的遺傳是母系遺傳，只能母親傳給子女，兒子又無法將之傳下去，只有通過女兒再傳，它只記錄女性的遺傳史。該實驗思路本身就蘊涵著一個前提：一個全人類共同的老祖母存在，得出的也是這個結論，有什麼意義呢？而且上面實際在說：夏娃的女性後裔向四處擴散，完全取代了非洲的所有婦女和其他各洲的所有婦女！其不合理性不言而喻。可是Stringer 和Wlison等科學家本身完全是嚴格地從分子進化論得出的結論，這也暴露了分子進化論本身的問題。對現代人細胞核基因的檢查，發現有些基因不是來自非洲的[5] 。

(4) 在實踐上，分子進化論與事實相背

a） 分子進化的深入研究表明進化的速率不是恆定的[7，8]，給了分子鐘假說迎頭痛擊，那麼該假說的結論都值得懷疑。

b） 第2套遺傳密碼隱含的問題使進化論陷入僵局

以前人們以為所有的遺傳密碼都相同，這意味著所有生命有共同的祖先。然而，第2套密碼的發現和證實，儘管與第1套密碼很近似，而且僅為很少的低等生物所具有，也使進化論難以解釋[9]。 一種密碼演化為另一種密碼，威脅到每一個基因，同時改變了所有包含此密碼的遺傳信息。改變了密碼，絕大多數情況會使基因的產物成為廢料，這對生命來說是致命的。所有基因產物的同時改變，又恰巧都不是廢料，更「恰巧」的是：改變後彼此功能上又相互適應，簡直是在說神在背後操作一樣！因為在隨機狀態下，這種事件的概率小到是絕對不可能了。

c）從化石研究的否定了分子進化論的「夏娃理論」，而且再次指出線粒體基因的進化速率是不一致的[10]，從而否定了分子進化論本身。

(5) 分子進化樹在深入研究中反而被瓦解了

不少人認為分子生物學為進化論找到了大量證據，許多學者根據某個蛋白、RNA或某個基因在不同物種的差異程度，繪製了進化譜系樹。但是，大量進化譜系樹之間卻展現的巨大的分歧，在微生物界和高等生物中，嚴謹的推導徹底搞亂了進化的「家譜」！分子遺傳學家費爾德曼（Rorbert Feldman）總結到：「用什麼樣的基因，就會得到什麼樣的進化位置」。彭尼斯（Elizabety Pennisi）說：「按照新順序的微生物基因組相比較，就使整齊的生命之樹陷入混亂，從而對所有生命的分類引起了懷疑。」斯蒂文斯（Richard Stevens）認為：「它預示著要推翻研究者們已經掌握的微生物如何演化，以及如何上升為高等生物的認識。」[11] 從進化論出發，對此的解釋--也只是一個可能性極小的推測，而且只能用在微生物界，而在植物界，尤其是動物界，就無法自圓其說了。用同樣的檢驗方法：一會兒說甲是你的爺爺，一會兒說甲與你關係太遠，一會兒甲又被鑒定為你的孫子，你能相信這是科學嗎？曾經最有力的證據--進化譜系樹，就這樣在深入的研究中搞亂了自己，瓦解了自身。這也再次證明了進化論是完全錯誤的信仰。

參考文獻

1．李難，《生物進化論》，人民教育出版社，1982年第一版。
2．邁克爾·J·貝希著：《達爾文的黑匣子-生化理論對進化論的挑戰》，中央編譯出版社，1998年。
3．Stringer C.B., 科學(中譯本)，1991:4，43-50 [譯自Scientific American , 1990(263):6)]
4． Holloway M., 爪哇化石的新的斷代數據：新的斷代結果給人類起源的爭論火上澆油., 科學(中譯本)，1994:9，70-71 ( 譯自Scientific American , 1994(270):5)
5． Wong K.,祖先之迷，科學(中譯本)，1998:4 [譯自ScientificAmerican , 1998(278):1)]
6．Wilson A. C., Cann R.L., 科學(中譯本)，1992:8，1-10 [譯自Scientific American , 1992(266):4)]
7．張昀，宏進化的非勻速特徵，科技導報，（1）1998：8，10。
8．賀福初，分子減速進化的普遍性研究，科學通報，1996，24，2264-2268。
9．Rensberger B., 生物科學動態，1987：5，57-58。
10．Thorne A. G., Wolpoff M. H., 人類的多區進化，科學(中譯本)，1992:8，11-17 [譯自Scientific American , 1992(266):4)]
11．Pennisi E., Genome Date Shake Tree of Life, Science, 280: 672-674,1998。