事實上，早期關於那吒的傳說卻源於印度的佛教。在佛教故事中，那吒乃是毗沙門天王的兒子，是佛教的護法神。毗沙門天王常常托塔而立，侍奉在佛祖的身旁。唐朝玄宗年間，在玄宗的推崇下，毗沙門天王和其子那吒在中土的聲名大振，逐漸為人們所熟悉，有關的民間傳說逐漸多了起來。

宋代《高僧傳》中曾記載高僧道宣夜行時突然跌倒，有一個少年將他扶了起來。道宣問少年是何人，少年回答說自己是毗沙門天王的兒子那吒，因為是護法神，所以看護道宣很長時間了。那吒還將一顆佛牙獻給了道宣。據說就是如今的崇聖寺中的佛牙。宋代傳說中的那吒已經是「三頭六臂」的形象。

宋代之後，毗沙門天王在中國民間傳說中逐漸中國化，到明代時，毗沙門天王突然變成了托塔天王李靖，那吒則成了李靖的三太子，屬玉皇大帝統領。這期間的演變過程尚不十分清楚。《三教源流搜神大全》說：「那吒本是玉皇大帝駕前的大羅仙，身長六丈，首帶金輪，三頭九眼六臂，口吐青雲，足踏盤石……因人間多魔王，玉帝命其下凡，托胎在托塔天王李靖的家中。他出生五日後，在東海遊玩，惹惱了龍王。龍王非常生氣，就向他索戰。那吒殺死了龍王的太子。龍王無奈決定向玉帝告狀。那吒知道後，就擋在天門前，無意射死了石記娘娘的兒子。石記興兵，那吒再次迎戰。那吒的父親李靖非常生氣，責怪其到處惹禍。為了不牽連父母，那吒便剖腹、剜腸、剔肉還給父母後死去，其魂魄飛向佛祖。佛祖因為其能降魔的原因，遂通過法力，使其借助蓮花為身復活，然後授其本事。從此後，地上諸魔都為那吒所降伏。後來玉帝封他為天帥元領袖，永鎮天門。」《西遊記》中的描述基本取自於此。