神祇神農為了解決這兩個問題，開始進山遍嘗百草。《史記•補三皇本紀》記載道：「神農氏作蠟祭，以赭鞭鞭草木，嘗百草，始有醫藥」。據說當神農在深山遇到茂盛的草木時，就用神鞭抽打，直到打出津液；然後他再親口嘗一嘗，便可知道其性味。

四川民間一直有這樣的傳說，說神農嘗百草，嘗到一種斷腸草，因此死掉。其傳說在《淮南子•修務訓》也可以找到佐證，書中記述道：「神農嘗百草之滋味，一日而遇七十毒」。

《黑暗傳》中亦明確寫道：「神農嘗草遇毒藥，腹中疼痛不安寧，急速嘗服解毒藥，識破七十二毒神。要害神農有道君，神農判出眾姓名，七十二七逃了生，三十六種還陽草，神農採回救黎民，毒神逃進深山林。至今良藥平地廣，毒藥平地果然稀……」。可以想見，當時的神農氏為了尋找到可以食用的食物和草藥，以進行人工種植，冒著中毒的危險，嘗了無數種花草果實。因為神農氏是水晶肚子，所以可以看到藥是如何起作用的，所以才能迅速化解藥毒。

最終神農氏終於找出了那些可以吃和不可以吃的物種，以及哪些物種可以作為藥物。其中上等藥一百二十種，可以養生，食之延年益壽；中等藥一百二十種，可以養性，食之補虛助氣；下等藥一百二十五種，可以治病。神農氏來到人世間為中國人建立起了相當完整的醫藥基礎，後世幾千年來中藥的發展，事實上，都是建立在神農本草的基礎上。因此，神農氏還被尊為中國的醫藥之祖，民間稱之為「藥王菩薩」。