一次，慧思所居的庵捨被人燒燬了，燒房的人馬上得了大病，於是來向慧思懺悔，並給他重新蓋了草房。不久，病就好了。

慧思又夢見數百天竺僧人，穿著奇異的服裝，其中一個上座的高僧說：「你雖然受了戒，但僧儀不好，這樣怎麼能進入正道呢？遇到行為清貞的僧人，你一定要向他們學習。」從此之後，慧思先後以四十二個僧人為師，受羯磨法具足戒後，忽然驚悟，原來一切都是夢中安排的。

慧思再次夢見了彌勒佛為其說法，後又夢見跟隨彌勒佛等在法華相會。他自言自語說：「我在釋迦末法時期受持法華，現在又蒙佛如此引導，確實是三生有幸。」慧思由此更加精進修煉，各種靈瑞之象也不斷出現。比如，他瓶子中的水常常是滿的，各種供養齊備，好像有天上的童子在左右伺候。

後來，慧思自大蘇山帶著四十餘名僧人來到南嶽。到了南嶽後他對弟子們說：「我要在此山修煉十載，十年後必事遠遊。」又說：「陟嶺有一處林泉勝異，曾經有一座古寺，我前生就是居住在那裡的。」眾人掘地果然得到僧用器皿，發現了殿宇基址。慧思又指著兩處石下的遺跡說：「我過去在這裡打坐時，被賊人所殺。現在我再次轉世為僧。」於是在這裡建了一座塔，名為「三生塔」。

慧思在南嶽東畔靈巖之邊建了講法台，為眾生說法。南北學徒來聽的人非常多。慧思擔心眾人沒有水喝，就用錫杖在濕潤的巖下挖掘，果然得到一眼泉水。後有兩隻老虎引導著慧思登上山嶺，二虎刨地而哮，瞬時泉水流迸，就是今天的「虎跑泉」。

因為慧思的名氣越來越大，有一個道士因為嫉妒而生害人之心。道士密告陳國的皇帝，說慧思是受齊國的指使，前來興妖破壞的。陳國的皇帝就派使者前去探察。使者跟隨慧思來到石橋，就見二虎咆哮著、大蛇盤旋著擋住去路，使者驚懼而發誓說：「我見禪師應當象見到佛一樣，若起噁心任汝所傷。」虎蛇乃退。使者見到了慧思告知了實情。在使者未到之前，慧思見一小蜂來螫自己的臉，但很快被大蜂咬死。慧思入定後知道是宿怨之人想要加害自己。於是，他對使者說：「你先回去，我隨後就到。」

七日後，慧思乘著錫杖來到京都拜見陳國皇帝。陳國皇帝非常驚異，他問左右：「卿等見此僧，何如人？」有人說：「常僧。」皇帝回答說：「朕見其踏寶花乘空而至。」於是將慧思迎到宮中供養，並將告密的道士送給他役使。不久，告密的道士和誣陷者一人暴死，一人被狗咬死。

慧思還有許多神異難測之事，比如遇雨，鞋不濕也不沾泥。

在京都呆了一段時間後，慧思請求歸山。回山後，他更加莫測高深，或現形大小，或寂爾藏身，瑞象不斷。

慧思在山上住滿十年後，準備離去。在離去前，他連日說法，苦切呵責，聽者無不動顏。這一年六月二十二日，慧思停念止息，準備離去。小僧靈辨不禁號啕大哭。慧思睜開眼睛說：「眾聖正在迎接我，快樂無比。你為什麼要驚動我？趕快出去。」說罷就離去了。此時異香滿室。

（《神僧傳》卷四）