石竹山，素有「雅勝鼓山」之譽，是歷代道家方士尋仙、修道之山，並被人們視為「神窟仙宅」、「靈異之府」。

大概在漢代，就有人在石竹山上修煉。根據史料，「何九仙世傳兄弟九人，居於山修道，又居九鯉湖側煉丹，丹成，各乘鯉仙去」。清代《福清縣志·地輿志》記載，五代後梁時「林真人煉丹於此，丹成騎虎上升」。《閩都別記》第101回載：「福清石竹山之仙人林汝光，在石竹山修煉，騎虎上升。他好度凡人，仙遊浙江寧波，收余心發為徒，帶回福州，師徒二人路費用完，分文皆無。林汝光就帶心發來到屏山，指著一池塘，將滿塘池水變成白銀，又到南門池浦堤岸，變池水為「銀鑲浦」與「金堆洋」。林汝光還把金銀用不完的秘袂告訴了心發。有了金銀，心發萌發了思凡之心，要求回家。林汝光知其俗骨難以度化，就同意讓其回鄉。心發急往池塘取銀，可是卻怎麼搬也搬不動，最後只拿下了二兩而已。後來還有唐代真人鄭文叔等在此修煉。

石竹山的宮觀應該是建築在半山腰西側懸巖峭壁上的仙君樓，至於它建於何時，已經無從查考。它供奉的是何氏九仙，應該在唐以前或唐初。建於唐朝大順二年（891年）的靈寶觀是供奉林真君的。《福清縣志•人物誌•仙釋》載：「林炫（玄）光，邵武人，朱梁時嘗煉丹於石竺山，後舍宅為仙井寺，以產業入靈寶觀。」石竺山即為石竹山。靈寶觀後更名為靈寶道觀。不過，在宋紹聖二年，靈寶道觀被移至玉融山，曾興盛一時，但不再屬於石竹山。

唐時，佛教亦開始在石竹山興起，南宋時，進入鼎盛發展時期。宋端平二年（1235），進士林希逸寫的《石竺山二十詠》組詩之序明確指出：「（石竺）山在福清境內，昔羽人、今納子居之。」「衲子」即僧人。說明當時在山上的僧人多過修道之人。最早建造的佛教寺院是石竺院，始建於唐大中元年（847年），後更名為石竹寺，由九仙閣、玉皇殿、伽藍殿、文昌閣、土地廟、觀音堂、石佛宮等組成。明末清初式微。

雖然佛、道在石竹山上並存，而且在南宋時佛教發展超過道教，但到了南宋後期，出現了祈夢靈地之說，應該還屬於道教範疇。據說何氏九子成仙後，人們在此立廟奉祀，祈夢十分靈驗，特別是關於功名方面的。南宋寶佑的《仙溪志》引陳讜的《夢記》，記敘了五、六位科第祈夢應驗的故事。到了明朝，石竹山祈夢之靈驗更是遠近聞名。明代王世懋在《閩部疏》中記載：「福清縣石竹山，亦有九仙靈跡，其山亦宏麗，在宏路驛大道旁，士人祈夢者，以秋往九鯉湖，以春往石竹山。石竹山是九仙離宮，為行春治所耶。」

據明何喬遠《閩書》卷石竹山條云：「皇朝邑人葉向高為孝廉時，祈夢，夢人語之日：『腰繫白玉帶』，後果驗。」葉向高後為內閣首輔。萬曆四十五年（1617），他再次游石竹山時，親自對友人敘述夢見有人語之日：「腰繫白玉帶」，並作詩《登石竹巖》。詩云：

石竹山不僅山峰嶙峋、峻峭，如紫磨、獅子、象王、狀元、龍女諸峰，而且奇石、幽洞甚多，如紫雲洞、桃源洞、通天洞、日月洞、摘星台、化龍窩、鶴影石、蓬壺石、鴛鴦石、棋盤石、龜蛇石、蟠桃石、穴竇、洞天等。在這其中，自然留有許多仙跡，比如紫雲洞，是五代林真人煉丹處；虎跡巖是林真人騎著老虎白日飛升之處。仙遊的仙門洞，傳為何九仙所居之處。

關於林真人和何氏九仙，石竹山一帶還流傳著他們扶危濟貧的故事。

傳說五代閩國時，有一名為周艷冰的書生之未婚妻吳瑤琴，為閩王搶入後宮為宮女。林真人有心相助，就化成滿身生瘡的叫化子，並以身上的瘡蟲塞入艷冰口中。艷冰噁心，口吐一紙，內有字日：艷冰汝莫泣，石竹有仙跡；若要求瑤琴，西山出紅日。周艷冰這才知道叫化子是仙人，乃進石竹山求仙，又碰見了林真人。林真人領著他來見九仙真，其中一個道人贈給艷冰一封錦囊，並說：「隨存在身，至急迫時開看，自然夫婦相逢。」後來周艷冰用錦囊中的「追魂丹」救活吳瑤琴，夫婦團圓。

還有「石竹山飛瓦」的故事。據說多智和尚因建寺無人運瓦而發愁時，竟迷迷糊糊做起夢來，結果何氏九仙顯靈，瓦片奇飛。「出米石」講的是山民黃阿山家中貧苦，祖母挨餓，忽夢見石竹山上的石木皇裡儘是白米，夢醒後到山上一看，果然如此。此外，《龍女峰的傳說》、《鴛鴦石的傳說》、《林汝光的傳說》、《鯉魚山》等傳說也是仙氣十足。

石竹山還有海市蜃樓等奇特的景觀。明末福州著名詩人曹學全曾作《登石竹山》一詩，將雄偉、莊嚴、神異的石竹山呈現在人們面前，詩云：