明正德年間太監於徑看中了這塊風水寶地，大興土木，為第一次擴建，並在寺後為自己修建墳墓。嘉靖初年於徑獲罪，不能在此處葬身。天啟年間太監魏忠賢又擴建廟宇，再次建墳，準備死後葬此。崇禎初年，魏忠賢自縊後被戮屍，也不能再葬於此。魏忠賢的黨羽葛九思，1644年隨清軍入京，將魏之衣冠葬在墓中，成為魏的衣冠塚。直到康熙四十年(1704)，江南道監察御史奉命巡視西山時，初以為是前朝皇帝陵寢，後來知道是魏墳，遂於五月十二日上奏，二十二日詔平其墳。乾隆十三年(1748)，對寺宇重加修葺，新建了行宮和羅漢堂，並按西僧所貢奉的圖樣，建起了金剛寶座塔，碧雲寺基本定局。

碧雲寺金剛寶座式塔(國學網圖片)

全寺依山而建，山頂上全寺的最高處，是一座全國現存最高的金剛寶座塔，建於清乾隆十三年（公元1748年），高34.70米，全部用漢白玉石建造。在藍天映襯下，潔白高大的金剛寶座式塔，借地勢之地利，更顯得巍峨莊嚴。

高大的台座南面正中，辟拱券門一道。門內分三個券門，兩側券門分建石梯，可直達座頂。台座上建有五塔，中塔較為高大，四角塔較為矮小，均為方形的十三層密簷式塔。在基台頂部前面正中，還建有一座小型的金剛寶座塔。這在全國現存的此類古塔中罕見的。而且，大的基座上除五座密簷式塔外，還在小金剛寶座塔兩旁，建有兩座喇嘛塔，彷彿大塔的前哨和小塔的護衛一般。因此這做金剛寶座式塔在同類塔中造型最多變，層次最豐富。