法輪寺建於唐貞觀十三年（639年）。根據史料記載，唐太宗李世民下詔，讓仁智禪師在崆峒山上建造一所寺院，稱為「明慧禪院」。仁智禪師因此被視為崆峒開山祖師。唐武宗滅佛時，寺院遭遇第一次劫難。宋朝時，寺院規模稍有擴大，並更名為「真乘寺」。仁宗時還封寺院僧人為「志護大師」。明朝時寺院發展到鼎盛時期，神宗曾賜予匾額，寺院更名為「十方院」，又稱「舒化寺」、「塔院寺」等。明末，寺院走向衰落，清朝後法輪寺昔日的輝煌不在，所存殿堂亦是滿目瘡痍。1992年，法輪寺被重新修葺。

如今的法輪寺主要殿堂有：天王殿、大雄寶殿、玉佛殿、地藏殿、韋馱殿、伽藍殿等。寺內最為珍貴的是建造於唐朝的凌雲塔。塔高九丈六，為七級八角全磚結構，塔內供奉著八十八尊佛像，代表著八十八佛名號，佛像莊嚴殊勝。