變法之初，很多人對法令並不信服，商鞅採取嚴厲的措施樹立法律的權威。一次，太子犯法，商鞅不能懲罰太子，就處罰了他的師傅公孫賈和公子虔。

商鞅曾經率軍隊討伐魏國，魏國公子卯指揮士兵迎戰。商鞅寫信給卯說，「吾始與公子驩，今俱為兩國將，不忍相攻，可與公子面相見，盟，樂飲而罷兵，以安秦魏」。魏公子卯就相信了。見了面，商鞅令埋伏的士兵把魏公子卯抓了起來，藉機打敗了魏國軍隊。

秦孝公死後，太子繼位。公子虔的門徒告發商鞅謀反，秦王派官吏抓捕商鞅。商鞅逃到一個叫作關下的地方，打算住店。店主不認識商鞅，說「商君之法，舍人無驗者坐之」。商鞅無法住店，喟然歎曰「嗟乎，為法之敝一至此哉！」

於是，商鞅又去了魏國。魏國對商鞅欺騙魏公子卯耿耿於懷，也不接納他。商鞅打算去別的國家，魏國不允許。商鞅只得又回到秦國，被秦兵殺死並遭車裂，滿門抄斬。

商鞅在內政上實施嚴刑峻法，以殘酷、苛刻的手段對待民眾；在外交上使用詐術，喪失了信譽和威望。商鞅從被告發到逃亡，嘗到了自己一系列行為的惡果，遭受了絲毫不爽的現世報應。

其實，商鞅曾經被勸告過，「得人者興，失人者崩」，「恃德者昌，恃力者亡」，並警告商鞅貪求富貴、討好秦王並招致百姓的怨恨，就像早晨的露水一樣危險。商鞅不聽，結果五個月後遭受殺身之禍。

無論對於國家管理還是其它管理而言，沒有善心和寬容，很難把事情做好。很多法律、規章制度是為了限制和整治別人而制定的，而所謂的嚴格執法或者按照規章制度辦事不過是在貫徹這樣的意圖，這其中的嚴重問題是缺乏善心和寬容。這樣的做法會以非常生硬的方式觸動人們的自我保護心理和惡的一面，招致牴觸甚至敵意。而為了順利執行法律和規章制度，只好依賴於強制甚至暴力，造成衝突加劇；即使暫時擺平，也留下了隔閡和隱患。如果能夠用善心和寬容啟迪人們心中善的一面和自覺性，就會取得更好的管理效果。

商鞅的故事在如何選擇人才方面也給後人留下了深刻的教訓。對人才的衡量尤其應該注重他的道德，這是用人的第一要義。確實，有德的人用他的才能做的都是好事，無德的人用他的才能做的都是壞事。